[抢个跑·划个胖] 近期变异株动态小结（印度·南非·特别篇）
（鸣谢Peacock老师制图，既然这张图是他私下发给咱用的，所以无耻地打个厚码吧）
前言
首先豁个胖~
鉴于最近BA.2.75情况挺不明朗，
所以昨天咱们这边儿组了个局，邀请了几位一手负责监测BA.2.75动态的同行，开了个讨论会。
——比如说：
印度CSIR亲自负责测序和分析的小朋友（印度第一例就是这位测的序）~
——再比如说：
印度马哈拉斯特拉邦负责测序监测的大佬（市面上大多数BA.2.75序列都出自他们家）
——以及：
荷兰RIVM负责测序监测的老师（荷兰第一例BA.2.75就是这位揪出来的）
——还有：
Nextstrain系大佬一枚……这位各位应该眼熟吧
当然了，咱只是讨论会里面旁听兼打酱油的小混混而已，
全程不发言不露脸的那种。
但已经足够暗搓搓地记录到一些有用信息，
并且搬运过来发一个抢跑文了~
以下是昨天讨论会提到的一些冷知识和热知识：
印度当前的测序机制，是PCR阳性拭子随机抽检，规定的抽检比例大概是2%-3%，但实际执行上只有不到1%测序；
除了按比例抽检测序之外，如果发现确诊人数莫名其妙蹿升的话，印度还会搞一搞临时性的突击测序；
马哈拉斯特拉邦（孟买所在的邦）的测序比例稍高一些，这可能是为啥马邦最先检出BA.2.75的原因……
具体而言，第一例BA.2.75于2022年6月15日由马邦上传，这条序列的取样日期是2022年6月7日；
如果换成取样日期计，那么最早一例BA.2.75出现在喜马偕尔邦（就是某个死老头呆的那个邦）……于2022年5月26日完成采检；
接下来第二例于2022年6月2日在印控克什米尔地区完成采检；
综上，印度的初步流调结果显示，BA.2.75应该起源于克什米尔地区；
可是呢，还没过几天，这货就陆续在卡纳塔克邦（班加罗尔所在的邦）、泰米尔纳德邦（钦奈所在的邦）、西孟加拉邦（加尔各答所在的邦）以及德里检出……遍地开花了可以说是~
总之，截止今天凌晨，这货在印度测序相对较充分的几个邦增长趋势如下：
——马哈拉斯特拉邦，请品鉴：
BA.5被甩得尾气都吃不上了已经……
（顺便一提，根据讨论会大佬一手数据，
截止昨天下午，马哈拉斯特拉邦的流行株仍然是BA.2.38~
是的没错，就是刚刚在甘肃冒头的玩意儿…这货也是印度特产）
——德里，请再品鉴：
↑ BA.5在德里抢跑一周，反而被BA.2.75压制到亲妈都唔识得……
怎么样，BA.2.75看着还挺猛的吧？
横扫全球无敌手的BA.5，
到了德里和孟买混得还不如狗可还行？
可惜情况没那么简单……
——西孟加拉邦，请再品鉴：
↑ BA.5和BA.2.75齐头并进，BA.5声势还略胜一筹~
——泰米尔纳德邦，请接着品鉴：
↑ BA.5一枝独秀，BA.2.75最近一周才略有抬头的趋势……
所以情况就是这么个情况……
现在的悬念就在于：
BA.2.75相对于BA.5的这个增长优势，
究竟是只能在印度一小部分邦窝里横呢，
还是可以复制到全球其他的immunity landscape？
如果只是前者那还好，眼不见为净吧~
但如果是后者的话，
那就相当于……
BA.5之后的下一波，
已经进入预备发射状态了。
正所谓，有诗为证：
一波还未平息
一波又来侵袭
茫茫人海狂风暴雨
一波还来不及
一波早就过去
一生一世如梦初醒
传达完昨天下午讨论会的精神，下面额外贩卖一点焦虑吧~简单来说，BA.2.75本身，并不是现在印度最大的问题。现在印度最大的问题在于，出现了一种没人看得懂、没人能解释的大范围加速突变现象。
——请品鉴（可能需要点开大图）：
BA.2.38.1
BA.2.74
BA.2.75
BA.2.76
BA.2.79
BA.2.79.1
以及作为背景板的BA.5
（除了上面榜上有名的6种之外，另外还有7-8种暂时没命名或者没提交的没放进去~）
关于上表，多解释一嘴：
Number of sequences=由印度上传的序列数量（有4-5天延迟）； Relative growth rate是上述几种子毒株近6个月内在印度相对于基线的增长速度（以及CI）。
所以，正如上表所示，横扫全球无敌手的BA.5，沦落到了增长率倒数第一的惨境……这还没完呢~
就连BA.2.75这种5月底才冒头的新发变异株，都已经开始继续加速突变了……
——请品鉴：
至于R346T代表啥概念呢……
——请品鉴：
↑ 以上是根据Bloom老师Deep Mutaitonal Analysis计算器算出来的刺突蛋白RBD结构域免疫逃逸地形图~
图中山峰越高，则代表该位点的突变针对既往感染原始株+BA.2后形成的免疫屏障越有逃逸能力，其中：
F486的山峰已被BA.4和BA.5占领；
G446的山峰也已被BA.2.75占领；
现在R346T的山峰又被占领了……
这怕不是要一条路走到黑了……
所以还是那句老话：
BA.5之后的下一波，可能已经进入预备发射状态了。
上面是印度的情况，下面继续抢跑南非的情况呗。毕竟，各位懂的，在养蛊届，南非永远是笑傲江湖的存在。
——开门见山，请品鉴（可能需要点开大图）：
↑ 以上是南非NICD的Josie Everatt老师于12个小时之前通报给Pango的最新变异株。
现在一共7条序列，分别在南非豪登省（又是豪登省）和林坡坡省检出，
已经分为了两个子分支（类似于当初BA.4和BA.5的造型，双胞胎同时登场），
这玩意儿是Delta（AY.45）和Omicron（BA.2）的多重重组产物，
至少有5-6个breakpoint，
此外还有一大堆特有的阴间突变……
具体见上图（以及下图）：
红色部分来自Delta AY.45，
绿色部分来自Omicron BA.2，
紫色部分则是自己憋大招憋出来的……
——其中，刺突蛋白部分是这么个造型：
↑ 请对比上边儿Bloom老师的计算器品鉴……
G446D+F486P+R493Q~
所以咱就盲猜呗，
这货说不定可以逃逸从BA.1到BA.5的所有中和抗体免疫
——演化树，请继续品鉴：
——重组分析，请最后品鉴（需要点开大图）：
↑ 以上黄色部分由Omicron BA.2供料，紫色部分则由Delta AY.45供料。
所以，又是那句老话：
BA.5之后的下一波，以及BA.2.75之后的下一波，
可能都已经进入预备发射状态了。
没办法啦，这就是躺平的代价。
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